分子蒸餾器在運行的過程中其設備的冷凝面以及薄面直接就會直接形成其壓力差，這個所形成的壓力差是整個蒸汽流向的驅動力，設備中微小的壓力降就會直接引起蒸汽出現流動的情況，其運行時冷凝面以及沸騰面之間的距離是比較短的。

　　它在使用的過程中其物料在設備里面所停留的時間是短的，這樣的設備裝置也適合其高粘度的物料，在進行選擇的過程中可以采用其制作材料，都是采用世界上熱膨脹系數小且化學較穩定的石英玻璃材料。

　　其運行的過程中其強度是高的，這樣的設備在進行使用的過程中具有很強的耐腐蝕的性能，這樣的產品對于大多數的試劑以及化學材料都有好的適用性能。

　　分子蒸餾器中的部件是蒸餾塔柱，在進行使用的過程中設備結構直接關系到設備的分離。

　　它在進行選擇的過程中需要選擇其經濟合理的蒸餾溫度，這樣物料在進行加工的過程中才會有較好的穩定性能，蒸氣分子從蒸發面向冷凝面飛射的過程中，兩者之間可能會出現其相互碰撞的情況。

　　其運行時環境以及柱體之間的熱交換可以規避傳統的方式，這樣就會直接造成設備出現過度加熱或者保溫導致人為的破壞其平衡所帶來的實驗數據的誤差。
 

　　分子蒸餾有如下特點：

　　1、 普通蒸餾在沸點溫度下進行分離，分子蒸餾可以在任何溫度下進行，只要冷熱兩面間存在著溫度差，就能達到分離目點。

　　2、 普通蒸餾是蒸發與冷凝的可逆過程，液相和氣相間可以形成相平衡狀態;而分子蒸餾過程中，從蒸發表面逸出的分子直接飛射到冷凝面上，中間不與其它分子發生碰撞，理論上沒有返回蒸發面的可能性，所以，分子蒸餾過程是不可逆的。

　　3、 普通蒸餾有鼓泡、沸騰現象;分子蒸餾過程是液層表面上的自由蒸發，沒有鼓泡現象。

　　4、 表示普通蒸餾分離能力的分離因素與組元的蒸汽壓之比有關，表示分子蒸餾分離能力的分離因素則與組元的蒸汽壓和分子量之比有關，并可由相對蒸發速度求出。